A referência mais antiga do povoado (Almargem do Bispo – sede da Freguesia), de que há conhecimento, é a carta de venda, de Abril de 1203, de uma vinha no lugar do Almargem, por 7 morabitinos, feita por D. Paio Gonçalves, Prior do Mosteiro de S.Vicente; e a doação, em Março de 1264, efetuada ao Mosteiro de Santa Cruz de Coimbra, “dum herdamento de herdades e viñas e de casaes com seus corraes e montes e fontes e águas, entradas e saídas e pasigos e todos dereitos (…) no termo de Sintra em loco que dizem Almargeo“.
No Século XV, o espaço geográfico do Almargem, estava dividido em duas partes: a que pertencia ao Termo de Sintra – e andava integrada na zona canónica de S. Pedro de Canaferrim – e a da banda de Leste, que pertencia ao Termo de Lisboa.
No Século XVI, os desajustamentos mais flagrantes da região, são sofridos pela Freguesia de Almargem do Bispo, pelo corte diagonal do seu território, desdobrado judicialmente entre Lisboa e Sintra. A Freguesia de Almargem era mais considerada olissiponense do que pertencente a Sintra; eclesiasticamente pertencia a Sintra; administrativa e judicialmente a Lisboa.
Por esta altura, os habitantes de Almargem terão erguido uma Ermida ou simples Eclésia Cemiterial. D. Miguel de Castro (1536-1625), Bispo de Viseu e, depois, Arcebispo de Lisboa – que era senhor de muitas terras no Almargem – teria determinado a criação da paróquia. São as crónicas que rezam. Dizem elas que “sendo o povo de Almargem incomodado pela instância da freguesia a que estavam sujeitos hum Bispo e suas irmãs, que ali havia e eram senhores do grande Casal do Almargem, trabalharão para que se erigisse ali huma paróquia separada com a invocação de S. Pedro; e o povo desanexou da antiga paróquia”. E, deste modo, em memória ao seu Bispo, passou a designar-se a nova Freguesia de S. Pedro de Almargem do Bispo. Já para o fim do Século, Filipe I, concede aos caseiros do Bispo D. Miguel de Castro, “alvará de previlégios”.
No Século XVII, logo no seu início, Filipe II concede alvará de finta, aos moradores de Almargem do Bispo, para fazerem a obra da Igreja. São ainda as velhas escrituras que acrescentam que, “o Bispo e suas irmans não só concorreram para isto e para a edificação da igreja, mas também deram do seu próprio Casal o terreno preciso para essa edificação, para as casas do pároco, para logradouro e passal, adquirindo por este modo huma espécie de Direito de Pay”.
De posse de regalias várias e de previlégios outorgados por D. João IV, os fregueses do Almargem do Bispo, aformoseiam orgulhosamente, em 1667, todo o interior da sua igreja; e, por alturas de 1687, fundam uma albergaria.
No Século XIX, aparece um novo patrono da região, o General Barnabé António Ferreira. Em 1862, casa em segundas núpcias com Amélia Sophia Gonzaga, proprietária de várias terras no Almargem. A sua ligação à freguesia tem aqui o seu início. Apesar de ter residência em Lisboa, era na Quinta do Rebolo, em Almargem – onde tinha uma propriedade – que se refugiava muitas vezes.
No passado era a agricultura a actividade dominante de suas gentes, principais abastecedores dos mercados de Sintra, Belas, Queluz, Amadora e Lisboa. Hoje em dia Almargem, Aruil e Albogas são sem dúvida os grandes fornecedores de Lisboa, das hortaliças que ali se consomem. Atualmente são importantes também o comércio e a indústria, como é o caso de Negrais, que além da transformação da pedra, tem uma outra indústria também bastante conhecida: o famoso leitão de Negrais.